Reino Fungi, Clasificación Taxonómica por Cavalier-Smith (1999): nueve reinos en dos dominios

Árbol filogenético de Cavalier-Smith (1999): nueve reinos en dos dominios.

Todos los seres vivos comparten su origen: todos provienen del reino móneras. Este reino abarca los seres unicelulares procariotas, que carecen de núcleo celular. Son las arqueobacterias y las eubacterias. 
De los móneras surgieron los protoctistas. Este reino reúne seres eucariotas unicelulares heterótrofos y con digestión interna (protozoos), y eucariotas unicelulares o pluricelulares sin tejidos, autótrofos fotosintéticos (algas). 
El reino de los hongos comprende seres eucariotas, unicelulares o pluricelulares, sin tejidos, heterótrofos y con digestión externa. Las metáfitas o plantas son eucariotas pluricelulares con tejidos y nutrición autótrofa.

En 1998, Cavalier-Smith propuso un nuevo sistema de clasificación con dos suprareinos (Prokariota y Eukaryota) y seis reinos: Bacterias, Protozoos, Chromistas, Hongos, Plantas y Animales.